Biota ekosistem mangrove kini dapat dievaluasi menggunakan DNA lingkungan (eDNA). Dengan mengkarakterisasi distribusi spatio-temporal eDNA, metabarcoding menyediakan cara non-destruktif untuk memantau keanekaragaman hayati pesisir, khususnya hutan mangrove. Mengingat ketersediaan data keanekaragaman hayati tersebut, ketahanan ekosistem pesisir dapat ditingkatkan melalui pengelolaan pesisir berbasis data yang efisien. Sebagai tonggak, UNESCO meluncurkan proyek untuk memahami kekayaan keanekaragaman hayati berdasarkan metode eDNA guna memantau ikan dan spesies yang tercantum dalam Daftar Merah IUCN dari situs warisan dunia laut yang terpilih.

 

Pengamatan terbaru memastikan bahwa eDNA dapat digunakan untuk memantau taksa terancam yang ditunjuk IUCN dalam ekosistem mangrove tropis, dan hasil teknik ini sangat penting untuk menyediakan informasi mengenai prioritas konservasi. Menggunakan DNA lingkungan sebagai teknik utama biomonitoring di ekosistem mangrove dapat memberikan solusi bagi pengembangan berkelanjutan sumber daya hayati pesisir.

 

Fauna terestrial, akuatik, dan intertidal yang ditemukan di hutan mangrove beragam dalam strategi sejarah kehidupannya, serta dapat memanfaatkan hutan mangrove pada sebagian atau sepanjang siklus hidupnya. Deteksi takson bergantung pada banyak faktor, seperti kondisi pasang surut, iklim musiman, gradien salinitas, dan stratifikasi kolom air. Selain itu, penting untuk memahami proses yang mengatur pelepasan eDNA dari fauna mangrove fokal dan penguraiannya dalam lingkungan intertidal.

 

Heterogenitas spatio-temporal yang dinamis dalam pemanfaatan fauna terhadap mangrove juga menimbulkan tantangan skala dalam menentukan batas pengambilan sampel untuk berbagai aplikasi ekologis dan ekosistem. Karena kompleksitas geomorfologis habitat mangrove, data distribusi spesies dapat dipengaruhi oleh mikrohabitat, posisi muara, wilayah biogeografis, dan tipe mangrove. Oleh karena itu, penting bagi studi eDNA metabarcoding di mangrove untuk mencakup pengambilan sampel pada beberapa skala spasial agar pemahaman distribusi spesies lebih komprehensif. Konsensus dalam protokol pengambilan sampel pada skala yang seragam diperlukan untuk memfasilitasi studi perbandingan di seluruh ekosistem mangrove di kawasan laut.