Badan Pengawas Internal Universitas Sumatera Utara (BPI USU) merupakan unit pendukung organ lainnya yang berada di bawah koordinasi Rektor dan bertanggung jawab kepada Rektor untuk pengendalian internal kegiatan akademik dan nonakademik di lingkungan USU. BPI USU bersifat independen terhadap seluruh satuan kerja di Universitas Sumatera Utara. Berfokus pada pelaksanaan fungsi preventif, pengawasan, dan pemeriksaan, BPI USU berupaya untuk meningkatkan akuntabilitas, efisiensi, efektivitas, dan kepatuhan terhadap peraturan yang berlaku.