Program Studi Ekonomi Pembangunan dibuka pada tahun 2001. Program Studi Magister Ekonomi Pembangunan menerima calon mahasiswa Angkatan I pada bulan Juni 2001, dan kegiatan perkuliahan perdana dimulai pada tanggal 28 Agustus 2001. Pendirian program studi ini menimbang kebutuhan akan tenaga magister pada bidang ilmu ekonomi dalam rangka memahami dan menganalisis berbagai masalah dalam bidang pembangunan ekonomi dan berbagai kebijakan pembangunan serta implikasinya terhadap perekonomian negara. Dalam rangka mengantisipasi keperluan yang mendesak akan tenaga ahli di bidang ekonomi, Program Studi Ekonomi Magister Ekonomi Pembangunan melakukan penerimaan mahasiswa baru dua angkatan setiap tahun, yaitu pada bulan Agustus dan Januari.

Program Studi Magister Ekonomi Pembangunan terbuka bagi lulusan S-1 Ekonomi Pembangunan, Ekonomi Manajemen, Ekonomi Akunransi, MIPA, Teknik, Pertanian, Hukum, dan bidang lain yang relevan. Agar siap menerima materi kuliah ilmu ekonomi, bagi calon mahasiswa yang berlatar belakang non-ekonomi diwajibkan untuk mengikuti mata kuliah matrikulasi (Teori Ekonomimakro, Teori Ekonomikro, Matematika dan Statistik).

Untuk mencapai visi dan misi yang telah ditetapkan, Program Studi Magister Ekonomi Pembangunan menetapkan mata kuliah-mata kuliah sebagai berikut: Ekonomimikro Lanjutan, Ekonomi Pembangunan, Ekonomi Regional, Ekonomi Publik & Perpajakan, Ekonomi Makro Lanjutan, Ekonomi Uang dan Bank, Ekonomi Internasional, Ekonometrika, dan Perekonomian Indonesia.

Sampai tahun akademi 2002/2003 Program Studi Magister Ekonomi Pembangunan menawarkan bidang minat atau konsentrasi yaitu: (1) Otonomi dan Keuangan Daerah; (2) Dasar Keuangan & Investasi; (3) Perencanaan dan Strategi Pembangunan Ekonomi; (4) Teori & Kebijakan Perdagangan Internasional; (5) Lembaga Keuangan Islam.

Program Magister Ekonomi Pembangunan diasuh oleh dosen Fakultas Ekonomi USU dan Fakultas lain yang berpengalaman dan berkualifikasi pengajar pada level pascasarjana. Untuk bidang tertentu program ini juga mendatangkan dosen khusus dari universitas lain, baik dari dalam maupun luar negeri (Universiti Kebangsaan Malaysia).

Visi: Menjadi program pasca sarjana yang unggul dalam pengembangan ilmu ekonomi modern dan bermanfaat bagi pembangunan ekonomi nasional. Misi: (1) Meningkatkan kualitas kesarjanaan dan keunggulan pendidikan, penelitian dan pengembangan ilmu ekonomi; (2) Mempersiapkan Magister yang memahami permasalahan ekonomi masyarakat dan berkemampuan merumuskan pemecahannya secara konseptual dan faktual; (3) Menyebarluaskan ilmu ekonomi dan kefahaman mengenai pemecahan permasalahan ekonomi kepada masyarakat melalui kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat.

Mahasiswa Program Studi Magister Ekonomi Pembangunan berasal dari berbagai disiplin ilmu dan berbagai lapangan pekerjaan, seperti Anggota Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, Pegawai di Pemerintah Kota/Kabupaten dan Propinsi, Pegawai dari berbagai departemen, Praktisi Bisnis, Dosen-dosen dari Perguruan Tinggi Negeri dan Swasta, dan lulusan baru (fresh graduate students) berbagai disiplin ilmu.